Como instalar o Munin
1) No WHM como usuário root, vá em cPanel »Manage Plugins

2) Depois de instalado, poderá acessar o Munin, em algumas horas, onde ele gerará graficos de monitoramento de serviços:
WHM como root em Plugins»Munin Service Monitor
Você clica no serviço que deseja ver os gráficos. Ele armazena cada serviço em um banco de dados RRD e extrai a informação em gráficos.
Por exemplo, se desejar ver os processos, clique em processes. Esse munin fica configurado dentro da sua máquina e permitirá ter um histórico depois de determinado tempo de tudo que está sendo monitorado em forma de gráficos.

Recomendo ao menos 12 horas para ter alguma informação boa para análise.
O munin resolverá a questão do servidor lento? Não. Ele nos trará informações, em pico de utilização, de qual processo está gerando tal situação.