Alterando o nome do domínio no WHM
De Wiki Integrator do Brasil
Entre no WHM como usuário root, vá em Account Information >> List Accounts, expanda no sinal de + ao lado esquerdo do seu domínio e clique em seguida, no botão Modify Account.
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Altere o nome do domínio no campo Primary Domain e clique no botão Save no final do formulário.
PS: Não altere o nome do usuário, pois todos os dados e configurações estão no diretório do usuário. Alterar o mesmo pode acarretar em perca total dos dados.