Problemas comuns na instalação do certificado Let's Encrypt

Ao tentar instalar o certificado Let's Encrypt, alguns problemas podem ocorrer. Abaixo as situações comuns:

1. Se o servidor Java está na raiz do domínio, veja o tópico Instalando o Let's Encrypt SSL no meu domínio com Java.
2. Não é um problema se, ao acessar o seu diretório public_html encontrar o diretório .well-known e dentro dele acme-challenge, assim como possível arquivo. Estes diretórios são usados pelo Let's Encrypt para validar o domínio.
3. Caso apareça o erro "Site not found in this server", significa que você não trocou os DNS do seu domínio e ele não aponta para a Integrator. Faça isso onde registrou o domínio, colocando os DNS Master e Slave 1 informados no email de Configurações e Instruções de Uso que fornecemos assim que assina o serviço.
4. Se surgir o erro Something went wrong, check the Integrator Let's Encrypt SSL log file, verifique em sua máquina se o pacote que criou para seu usuário fornece suporte a SSL.