Agendando reinicio do servidor java

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1. Crie um arquivo restart.sh e coloque no seu usuário (a raiz do usuário é aquela que acessa quando abre o FTP)

Conteúdo do arquivo:

#!/bin/bash
TOMCAT_HOME=~/appservers/apache-tomcat-8.0.23
$TOMCAT_HOME/bin/shutdown.sh $TOMCAT_HOME/bin/startup.sh

2. Dê a permissão 777 no arquivo

3. Utilize o cron do cPanel e faça o agendamento. No comando, coloque:
sh ~/restart.sh